于孝天御下极严，要求麾下官兵，每到一地，不得擅自扰民，除了要求有钱大户拿钱出来助饷劳军之外，对于普通百姓，基本上可以说是秋毫无犯，相反到了一个地方之后，往往还会拿出一些钱粮，对当地遭受灾荒或者匪患而受害的百姓给予一定的赈济，对当地一些为祸民间的地痞流氓进行严厉打击。
如此几年下来之后，以前老百姓只要听闻官军到来，十里八村的老百姓立即就会轰然而散，逃入山中躲藏起来，可是现如今只要听说是于孝天麾下的官军到来，老百姓已经不跑了，非但不跑了，而且还往往会扶老携幼的跑到路边欢迎他们，甚至于还不惜取出他们极为有限储存的吃的东西，哪怕是拿出一个鸡蛋，也要表示表示他们的心意。
这让福建不少地方的官吏，看到这样的情景都为之侧目，想不通于孝天身为被招安的贼首，怎么能如此善于掌兵控军，将麾下兵马调教的如此听话，居然能把他麾下所控的官兵，整治的如此听话。
其实这也难怪，以前一些官军说白了就是一些军将的农奴，这些当兵的闲时务农，要给军将种地交粮，常年拿不到一点军饷养家糊口，难免会对军将们心怀怨气，往往一旦到了用兵的时候，军将要用这些当兵的为他出力或者卖命，可是又担心当兵的心怀不满不给他们卖力，于是便宽纵这些手下官兵，去抢，去偷，去勒逼百姓，变相的让当兵的捞一点甜头。
而且对于这些偷来抢来勒逼来的钱财，他们自己可以拿大头中饱私囊，也可以多少提振一下士气，让这些当兵的不至于上阵对敌的时候，因为心中怨气，哄堂大散甚至临阵倒戈，如此一来大明官军如果军纪好的话，那就真见鬼了。
但是于孝天控兵，却没有他们的弊病，但凡归在于孝天手下的官军，于孝天往往第一时间便先将那些老军将们全部架空，然后对官兵进行筛选，留下老实以及身体强健的士兵，将那些兵油子以及老弱残兵裁撤，招募新丁补充兵员。
对于这些兵将，于孝天令他们全部脱产，专司练兵，从农奴一般的身份转职为职业军人，虽然官府时不时的欠饷，可是于孝天却从来不拖欠这些当兵的粮饷，每个月定时足额发放给他们，使之可以有钱养家，不至于因为没钱养活家人，迫不得已之下当兵的同时还要想方设法的搞点副业。
而且于孝天自掏腰包，但凡战时手下官兵出现伤亡，伤者给予救治，残疾者给予妥善安置，战亡者便给予其家人高额抚恤。
这么一来，官兵也是人，当然知道谁对他们好，自然对于孝天归心，愿意令行禁止，跟着于孝天好好干，因为每个月可以拿到足额的饷钱，立功还能受赏，在保障了他们衣食无忧之后，违纪则会给予严惩，如此一来，谁还愿意轻易犯戒！
经过于孝天这么一番整治之后，想要他手下军纪败坏都难，这些当兵的把他当成天一般看待，对其可谓是忠心耿耿，谁都知道他们现在能过上这样的好日子，乃是于孝天所赐，要不然的话他们照样还跟以前一样，过着天天被军将欺压暗无天日的日子。
所以但凡一支军队，只要划归于孝天掌控之后，很快便会被于孝天整治的面貌焕然一新，变得军纪严明。
一支军队只要军纪严明，将士敢于用命，就算是不怎么充足的训练，他们照样还能爆发出相当强悍的战斗力，更何况他们转职为职业军人之后，每天可以吃的饱饱的，然后天天要进行充分的训练，就算是大部分官军并未像于孝天嫡系那样换装全新的武器，依旧使用以前的旧兵器，但是战斗力比起以往，还是成百倍的提高。
在天启三年初的时候，就曾经出现过这么一件事，一支刚刚被于孝天收编的杂牌军，之前因为剿匪不利，被一伙山贼打的大溃，可是当他们刚被于孝天收编，不到三个月的时间，同样还是这支兵马，只是换上了于孝天的嫡系手下军官率领，兵力甚至还不足以往三分之一，在一个地方遇上了同样一伙悍匪。
这伙悍匪得知对面那支官兵，乃是之前被他们打的落花流水的那支官兵，顿时高兴的屁颠屁颠的，呼啦啦便冲了上去将这支官军包围了起来，本以为肯定还像上一次那样，能把他们一举击溃，打的他们再一次落花流水。
但是这货悍匪万没有想到，同样还是那支军队，而且这次兵力这么少的情况下，一个个却像是吃了药一般，居然各个死战不退，在军官的率领下，高呼酣战，大股悍匪久攻不下，反倒是被他们最终打的大败而逃，还被他们如同跗骨之蛆一般的狂追了三天，直至全部将这伙悍匪全部剿灭。