这一次于孝天下旨裁撤左良玉麾下的两万兵马，左良玉闻讯便立即率兵谋叛，带兵猛攻襄阳，试图攻下襄阳然后控制周边府县，以此来和朝廷抗衡，短短十几天时间，就攻占了南漳等地，强行裹挟民壮加入叛军之中，短时间便将兵力扩至四五万人的规模，大有要闹一出大戏出来给于孝天看的架势。
左良玉的想法很简单，那就是拥兵自重，以无力抗衡朝廷，也就是于孝天，试图拖延下去，让于孝天感到他这块骨头不好啃，最后招安他，那么他就可以继续拥兵自重，作威作福下去了！
但是于孝天对左良玉岂能不防，提前已经在襄阳城派驻了部分于家军坐镇，左良玉领兵攻打襄阳城，这些于家军就据险而守，接连击退左良玉叛军的进攻，接着孙传庭受命领兵对其进剿，以孟飞等武将为辅，迅速的堵住了左良玉朝周边扩张的势头，并且分兵几路，将左良玉所部堵在了襄阳府境内，并且连续将其击败数阵。
左良玉最终被堵在了南漳县城一带，一万多于家军“包围”了左良玉所部的三万余兵力，将其围困在了南漳县境内。
左良玉见势不妙率部试图突围，逃入四川境内，但是孟飞岂能给他这样的机会，率军对其发动了最后的猛击。
左良玉所部叛军基本上都是临时裹挟的民壮，装备质量极差，和武装到牙齿的于家军放对，简直就是找死。
结果双方一接战，左良玉麾下的叛军便当即大溃，最终左良玉也被孟飞生擒活捉，随即将其举家打入囚车送往襄阳城之中进行处置。
孙传庭按照于孝天的吩咐，将左良玉凌迟处死，其家人举家满门抄斩，包括那些跟着左良玉混的军将，也一并满门抄斩，杀了个人头滚滚彻底扑灭了左良玉的兵乱。
左良玉所部被剿灭，也大大震慑了其它那些地方武将们，原本一些地方武将还打算跟着起兵作乱，也指望着回头能逼得朝廷对他们做出让步，重新招安他们，使得他们保留下他们的武力。
但是当听说左良玉从起兵到被剿灭，总共不到两个月时间，左良玉包括手下军将一个个全家老少都被满门抄斩，遭受了灭顶之灾以后，这些武将们之中原本一些不安分的家伙，顿时打消了起兵作乱的念头。
现在朝廷当权的可不是以前的崇祯皇帝了，现在可是于孝天这个大煞神当政，这家伙手黑不说，心更比崇祯黑几百倍，更何况他手上现在拥有近二十万精锐无匹的于家军，虽然在各地驻军都不算太多，兵力上似乎并不占优，但是任何人都不敢小觑这些于家军，他们装备实在是太好，手中的火-枪实在是太犀利了，往往都善于以少胜多，极难对付。
左良玉号称十万大军谋叛，但是于孝天只派出了一万多点于家军给孙传庭，就把左良玉轻松给灭掉了，他们这些人手头上拥有千八百兵将，就想和于家军抗衡，简直就是自寻死路，他们死了不要紧，搞不好老祖坟都可能被刨了，所以这些地方武将，最终也只得接受了裁撤命令。
于孝天也没有太为难这些武将，原来他们的家产都给他们保留下来，另外每个人给了一笔不菲的遣散费，让他们可以置办田产，起码当个小财主没有一点问题，一些地方的大将，还特许他们原有的田地免赋三年，算是特别优待。
但是即便如此，这些地方武将，也很是不情不愿，因为于孝天在裁撤地方军队的时候，收回了原来那些军方的屯田，将其分给了那些遣散的兵卒们耕种。
而原来这些卫所的屯田，基本上都被这些武将世代掌控着，那些兵户们基本上算是他们的农奴，只能给他们做事。
现在这些当兵的都分掉了他们控制的屯田，一下子就让他们失去了赖以中饱私囊的土壤，他们如何能不肉疼。
可是在于家军强大的军事压力之下，不答应也不行，起兵谋叛更是直接让他们举家老少去送死，不管他们乐意不乐意，也只能捏着鼻子认了。
裁撤掉这些地方的官军之后，于家军便成了大明真正的武力依仗，成为了唯一的军事主体，于孝天一改大明以前的兵户制度，将军队全部改为募兵制，大幅度提高兵将的收入和地位，使得兵将们可以活的更体面，虽然继续要求军队不干涉地方政务，但是同时也不让地方官员去管束这些军队。
这些新的官军，是国家的军队，只听从兵部的调遣，不再听令于地方官员的节制，但是在必要的时候，兵部可以把部分地方驻军，交给地方官员临时节制使用，整体上让军人的社会地位拔高了一大截。
这一点虽然文官们有点不爽，觉得以后这些丘八们可以和他们平起平坐，实在是有辱斯文，但是于孝天现在乃是大明监国，本身就是武将出身，他们也不敢指望以后还骑在于家军的脑袋上为所欲为了。