所以这个时候，中郎将的职权发生了变化，他们已经不是监军，成为了亲自统兵作战的将领。
但中郎将终究是朝廷的直属官员，他们没有地方上的官职，作战完毕后，终究是要回到中央去的。
这时候，三将已经名震天下，董卓、袁绍、曹操这些人还排不上号，他们就是手握军权的真正的大佬。
这时皇甫嵩的威信达到顶峰，汉阳人阎忠甚至劝他把握机会，自立称帝。
皇甫嵩当然不会考虑，他和朱儁二话没说，交出了军权回到京城，继续当他们的京官。
这时候，董卓在哪里呢？
董卓刚被赦免。
因为攻打下曲阳不利，董卓也步卢植后尘被罢免，押送回京师受审，判的罪名是“减死罪一等”，也就是个被流放的命。
恰好，皇甫嵩在前线大获全胜，皇帝一高兴大赦天下，董卓这才被赦免。
显然，这时候皇甫嵩和董卓的地位是一个天一个地，董卓一口吃不成以后的大胖子，他还得继续发育。
一年后，中平二年（185年），凉州又发生叛乱，朝廷又派已被拜为左车骑将军的皇甫嵩领军出征，董卓拜为中郎将当他的副手。
在这一年的战斗力，皇甫嵩有点背，作战不利被罢免，董卓却出了点风头，六路人马里只有他一路全军班师没遭到什么损失，从而被封为斄乡侯。
中平五年（188年），凉州再次告急，朝廷还是启用皇甫嵩、董卓为正副手。
这次作战，皇甫嵩指挥有方，大胜叛军，董卓对皇甫嵩又忌妒又恨。
扑灭黄巾后，皇甫嵩以名将之威望，仍然是朝廷出兵平叛的第一选择，董卓这时虽偶有表现，还远远够不上对皇甫嵩形成威胁。

错失良机
第二年，汉灵帝病重，下诏拜董卓为并州牧，同时命令董卓把兵权转交给皇甫嵩。董卓暗藏野心，不肯交出军队，上书狡辩。
这时皇甫嵩的从子皇甫郦看出董卓暗藏祸心，于是劝说父亲趁机除掉董卓，皇甫嵩认为，董卓虽然有罪，自己没有旨意诛杀他恐怕也要负责。所以他还是上奏朝廷，朝廷只是责备了董卓，却没有采取其他措施。
这是皇甫嵩第一次错过灭掉董卓的机会。
就在同一年，保留有兵力的董卓本来该到并州去上任，他走到河东郡就不动弹了，因为他想留在这里观望局势，看看是否有机可乘。
机会果然来了，带着兵的董卓离洛阳较近，被大将军何进看中，私自招董卓带兵入京。
随后发生的事就比较著名了，何进被十常侍杀死，董卓趁乱进京，立下救驾之功，吞并了何进、何苗、丁原等人的军队，一家独大，掌控了朝政。
即使这样，皇甫嵩也还有机会对付董卓，他当时并不在京城，而是统兵三万驻扎在扶风郡。皇甫嵩名震天下，对董卓是个巨大的威胁，如果他能果断决策，振臂一呼，局势未稳的董卓未必能吃得消，因为在外有袁绍等反对势力，即使在他控制的京城，也存在着王允等坚决反对董卓的力量，而皇甫嵩在各地诸侯间也有很大威信。

但是，皇甫嵩又服软了，他听从了董卓的征召，给他的官职是城门校尉，不知皇甫嵩是怎么想的，城门校尉虽然也是京城有实权的军职，又怎么比得上现在的手握重兵，身处董卓控制之外来得有用。